1995年4月2日、紀尾井ホールのオープンと同時にレジデント・オーケストラとして誕生。尾高忠明がミュージック・アドヴァイザー／首席指揮者をつとめ国内有数の室内オーケストラに育て上げた（現在　桂冠名誉指揮者）。メンバーは、ソリスト、室内楽奏者として第一線で活躍している演奏家で構成されており、オーケストラとホールの潜在能力を最大限に引き出すためにホールでリハーサルをし、音を練り上げていくというレジデント・オーケストラならではの音楽作りが特徴である。
　毎年5プログラム10公演の定期演奏会では定期会員(レジデント・メンバー)が総客席数の7割を占め、常に完売の人気を博している。
　 2002年8月、さらなる飛躍を目指して特定非営利活動法人として独立。メンバーが運営に積極的に参画する体制のもと、メンバー自身の思いを込めた、国内外から招聘した指揮者やソリストとの演奏が音楽会で大きな注目を浴びている。
　これまでに、国内では本拠地である紀尾井ホールの他に、大阪、名古屋、仙台等主要都市での公演や豊田市、大分市のコンサートホールでのオープニング公演の他、2005年12月には山形公演、2006年には岩手にてメンバー指導によるクリニックを組み合わせた演奏会、2007年は大阪公演、2008年には岐阜、北海道での公演を実施し、紀尾井シンフォニエッタ東京の音を全国に広げていく活動も積極的に行なっている。その他にも各方面から数多くの公演依頼が寄せられている。
　2000年には初の欧州公演を6都市で行い、ムジークフェライン、コンセルトヘボウ、モーツァルテウムなどの名門ホールにて成功を収めた。2005年5月には、2003年に共演したＨ.ヘンヒェンからの熱い要望により、自身が音楽監督を務める「ドレスデン音楽祭2005」からの招聘を受けて4公演を行い、ヨーロッパの聴衆から熱烈な支持を受けた。また2009年1月には、新日鉄と韓国POSCO社との音楽メセナ交流の一環として、紀尾井シンフォニエッタ東京メンバーによる弦楽アンサンブルの公演を韓国・ソウルで実施する予定。
　 2001年には武満徹の室内管弦楽作品を集めたCD「How slow the Wind」（BIS-SACD-1078／KKCC-2311）をリリース。2004年6月、M.ブルネロの指揮・チェロによる第42回定期演奏会のライヴCD「マリオ・ブルネロ＆紀尾井シンフォニエッタ東京」（VICC-60394）をリリースし、好評を博す。10周年を迎えた2005年4月には、好評に応えて2004年12月の指揮者なし公演のライヴCD（OVCL-00206）をリリースした。
　 これまで、ハインリッヒ・シフ、オーギュスタン・デュメイ、スティーヴン・イッサーリス、ナタリー・シュトゥッツマン、ゲイリー・カー、レイフ・オヴェ・アンスネス、アリシア・デ・ラローチャ、エマニュエル・パユ、ポール・メイエ、ペーター・レーゼルらをソリストに、クリストフ･ポッペン、ゲルハルト・ボッセ、マリオ・ブルネロ、トレヴァー･ピノック、ハルトムート・ヘンヒェン、パオロ･カリニャーニ、若杉弘、井上道義、広上淳一、下野竜也らを指揮者に迎えている。
　 演奏会に迎えた共演者たちは、異口同音に紀尾井シンフォニエッタ東京の音づくりの素晴らしさに対して高い評価を寄せ、そのレベルは世界の一流オーケストラに伍していけるものと認められ、それが再度の共演や海外公演につながっている。
　 13年のあゆみを経た今、紀尾井シンフォニエッタ東京は室内オーケストラのさらなる可能性を探り、新たな世界へ発信しようとしており、その活躍の場はますます広がっている。